Mbeki przejął urząd po Nelsonie Mandeli w 1999 r. Od ponad 50 lat 66-letni prezydent związany był z ANC. Dymisja oraz wydalenie z partii wywołane apelami zwolenników Zumy oraz młodzieżówki komunistycznej mogą być upokarzające.
W grudniu 2007 r. Mbeki przegrał z Zumą kierownictwo w partii. Konflikt pomiędzy Zumą a Mbekim rozpoczął się w roku 2005, kiedy to Mbeki zdymisjonował Zumę sprawującego ówcześnie funkcję wiceprezydenta. Przyczyną dymisji był skandal korupcyjny. Zuma miał przyjąć ogromne łapówki przy wielomiliardowym kontrakcie na broń. Shabir Shaik – jego finansjer został skazany na 15 lat pozbawienia wolności.
12.09.2008 r. sąd oddalił zarzuty korupcyjne Zumy, dzięki czemu może on swobodnie wystartować w wyborach prezydenckich. Niepokojące jest, iż agencje prasowe nie donoszą o żadnych innych grzechach śmiertelnych Mbekiego.
Za prezydentury Mbekiego i jego ministra finansów Trevora Manuela, który postanowił nie podawać się do dymisji, co mogłoby grozić zachwianiem gospodarczym, RPA towarzyszył zrównoważony wzrost gospodarczy. Prowadzono przyjazną politykę wobec inwestorów i cenna była aktywność prezydenta na arenie międzynarodowej.