Najwyższa Izba Kontroli nie znalazła poważniejszych uchybień w działaniu parków narodowych w zakresie zachowania oraz odnawiania przyrody.
Zdaniem kontrolerów pieniądze przeznaczone na ten cel były wykorzystywane w sposób oszczędny i wydajny, stwierdzono jednak przypaki nieprawidłowego gospodarowania. Jan Jasiński z Izby, koordynator kontroli, podkreślił, że jedną z przeszkód działania parków narodowych był na przykład brak planów ochrony tego typu lasów.
Izba zwraca ponadto uwagę na fakt, że w dotychczasowej działalności większość parków narodowych nie prowadziło odpowienio usystematyzowanego monitoringu stanu zasobów przyrodniczych oraz skutków realizacji działań ochronnych. Raport Izby dotyczy lat 2002 - 2005.